UO HVS-a odredio je sustav natjecanja te termine odigravanja Kupa Hrvatske za sezonu 2016/17.
Natjecanje će se sastojati od dva djela, a to su kvalifikacijski dio i Final 4.
U kvalifikacijskom dijelu sudjelovat će 9 klulbova koji će biti podjeljeni u dvije skupine. Svi klubovi sudionici podjeljeni su u jakosne skupine te su Mladostaši, kao četvrtoplasirani u prošloj sezoni Prvenstva Hrvatske, smješteni u drugu jakosnu skupinu zajedno sa Mornarom. Prvu jakosnu skupinu čine finalisti prošlosezonskog Kupa Hrvastke, a to su Jug i Primorje. Ostali sudionici natjecanja su Jadran ST, POŠK, Medveščak, Solaris te Marsonija iz Slavonskog Broda.
Kvalifikacijski dio igrati će se od 2.-4. prosinca 2016. Ždrijeb skupina održat će se u utorak 11.10.2016. u 12h u prostorijama HVS-a.
Na završni turnir plasirati će se dvije najbolje ekipe iz svake skupine. Final 4 će se igrati od 17.-18.12.2016.